Angelo Clareto v Kronice neb historii sedmi soužení řádu menších bratří píše, jak po smrti sv. Františka nastala vážná krize, jejíž příčinou byl špatný výkon nejvyšší řádové autority podpořené papežem:
77. Když se přiblížila hodina přechodu Božího služebníka do nebe, dal pokorný a chudý František svolat všechny přítomné bratry u Porciunkuly. Vléval jim těsně před smrtí útěchu. S otcovskou láskou a mocnými slovy je povzbuzoval k zachovávání řehole, k tomu, aby se navzájem milovali božskou láskou, aby poslouchali a ctili svatou matku Církev římskou a aby měli v úctě všechny kleriky, kteří žijí po způsobu svaté římské Církve. Jako své dědictví jim odkázal zachovávání chudoby, pokory, pokoje a vzájemné lásky. Horlivostí v následování Kristových šlépějí je roznítil k pohrdání a nenávisti světa. A když byli všichni kolem něho, nařídil napsat krátkou Závěť, do níž dal jasně a prostě pro přítomné i budoucí bratry napsat způsob života, Kristem mu zjevený. A přikázal, aby byl tento způsob života co možno nejdokonaleji zachováván. A dodal jako znamení požehnání nejvyššího nebeského Otce, jeho požehnaného Syna Ježíše Krista a své vlastní. Pak nad nimi vztáhl ruce, poznačené stigmaty Ježíše Krista, a všem přítomným i vzdáleným požehnal v síle a jméně ukřižovaného Ježíše Krista. 78. Pak si k sobě dal zavolat bratra Bernarda z Quintavalle, který byl prvním bratrem… A proti tomuto Božímu muži, svatému a láskou k dokonalosti zanícenému, i proti ostatním, svatým Františkem zvlášť milovaným bratřím a synům, zorganizoval nepřítel dobra druhé pronásledování.
Když stigmatizovaný anděl František, věrný prorok, poslaný v duchu a moci Eliášově k chudým lidem, a když ke Kristu poslal před sebou mnoho horlivých bratří, mnoho ministrů a kustodů jednomyslně souhlasilo s bratrem Eliášem ve věci ušlechtilé vědy a pro zvláštní prozřetelnost, kterou v něm viděli, chtěli v něm mít po smrti svatého Františka rektora a pedagoga. Přijal tedy úřad generála, zvolen všemi bratřími v domnění, že není zatížen nemírnou horlivostí a přílišným ohněm ducha, o nichž se podle lidského soudu opatrnosti domnívali, že byl v zakladateli, začal rozvážně prosazovat a učit věci, které se neshodovaly, ba protiřečily těm, které miloval a učil světec. Měl mnoho vychytralých následovníků a stoupenců. Nesnažil se potlačovat různé úklady a útlaky… 80. Bratr Eliáš nechal padnout v zapomenutí a skoro potlačil a pošlapal mnohé ctnosti, které viděl u Božího člověka Františka. Sveden řečmi svých následovníků a pochlebníků, pln pýchy nad uznáním a přízní císaře i papeže a jiných magnátů – kteří se domnívali, že vědou převýšil všechny ostatní – rozvážně a jakoby čestně začal bratřím jako jisté a pro spásu užitečné předkládat věci, které byly výplodem jeho myšlení.
V té době však žili ještě mnozí druhové blaženého Františka, jako zmíněný už bratr Bernard, bratr César z Německa, věděním slavný a zároveň svatý, bratr Rizzerius, bratr Šimon z Contessa, svatostí vznešený a obdivuhodný bratr Angelo, bratr Masseo a mnoho jiných, z nichž některé jsem viděl osobně a slyšel od nich ty věci, které vypravuji. Tito všichni se snažili žít věrně a upřímně to, co slíbili, co jim zjevil jejich Otec a co potvrdila Církev svou autoritou. A nemohli mlčet, když byli svědky skutků a rozhodnutí, které se neshodovaly s příkazy a tradicemi zakladatele. Rmoutili se tedy pro urážky Boží a pro škody na duších. Celým srdcem přilnuli k pokorným slovům a zbožným skutkům svého Otce a poukazovali na velké nebezpečí počínajících uvolňování a ne už čistého života.
Bratr Eliáš se proto se svými začal zneklidňovat a netrpělivost a hněv, které se ho začaly zmocňovat, skrýval pro příhodnější čas. Pak začal ty, kdo žili v prostotě, pomlouvat, u papeže si na ně začal stěžovat, a tím začíná vlastně jejich pronásledování a potlačování. Aby mu nikdo nemohl nepřátelství proti svatým bratřím vytýkat, zařídil to tak, aby se zdálo, že je pronásleduje spravedlivě, z rozkazu nejvyššího pastýře a pro dobro pronásledovaných bratří samých. Když totiž nadešel příhodný okamžik, odebral se ke Kristovu náměstku, jímž tehdy byl papež Řehoř, a jak u takových lidí bývá zvykem, předložil mu falešné stížnosti, pozlacené jakoby svatostí a počestností, které se zdály být pro Církev a řád užitečné.
Mluvil tehdy k papeži takto: »Svatý otče, v množství zvlášť prostých lidí se pod zdáním dobra a horlivosti ducha někdy dějí takové věci, že nebudou-li v příhodný okamžik napraveny a zapustí-li kořeny – i když se zdají dnes lehké – zplodí veliká zla. Jsou totiž mezi námi bratři, které má lid i klérus za svaté kvůli důvěrné známosti, kterou měli se svatým Františkem. Ti se začínají řídit vlastním míněním a, když odhodili brzdu svaté poslušnosti, chodí sem a tam jako bez hlavy a mluví a učí věci, které by mohly být nakonec k zostuzení celého řádu, jestli na zlo, které už začíná, z vaší strany nepoužijete lék. Přinucen svým svědomím jsem přišel, abych Vaší svatosti oznámil věci, o kterých bych raději pomlčel, kdybych se neobával, že z nich může vyrůst velký skandál, a kdybych je mohl napravit jen svou autoritou a odstranit pomocí laskavých napomenutí a oprav.« Nejvyšší Velekněz pak, který měl bratra Eliáše ve velké vážnosti, uvěřil mu, že sdělované věci odpovídají pravdě, a pohnut upřímnou láskou a horlivostí ducha, s níž se snažil udržovat dobrý stav řádu, řekl bratru Eliášovi: »Jdi a podle ducha a moudrosti, které jsou ti dány, naprav ty, kdo pod zdáním ducha odložili pravidlo disciplíny, odhodili brzdu poslušnosti a nyní se potulují sem a tam, aby kvůli nim nevznikaly skandály v řádu a abychom předešli nákaze, která by podle jejich příkladu ohrožovala poslušnost. Často opravdu zla, která se zdají nepatrná, když se nechají růst a sílit, stávají se nenapravitelnými.«
Svaté paměti papež Řehoř opravdu měl přílišnou důvěru k bratru Eliášovi, protože v něm spatřoval velikou počestnost mravů a měl ho za moudrého a vzdělaného, víc, za moudřejšího a vzdělanějšího než byli ostatní řeholníci v té době. Nejvyšší Velekněz nechápal, jak byl bratr Eliáš proti svatému Františkovi a že tajně sledoval i dělal různé věci. Že povzbuzoval a šířil takové ideje a způsoby života, které se příčily naší řeholní dokonalosti. Že působil a zavinil uvolnění a nečistotu v zachovávání řehole a že pomáhal uhášet Ducha a pohřbít úmysly zakladatele, že se se svými následovníky snažil nahradit v řeholi principy Boží principy lidskými.
Byl první a vědomě takto postupoval u papeže. Spoléhal na své ideje a rozumnost víc než na svatost a přikázání Boží, která slyšel a dostal od zakladatele, který byl dán jemu i ostatním z nebe. Ve slepotě své mysli a v samolibosti stal se vedoucí silou neronovského pronásledování svatých. Nakonec stejným mečem, kterým k zemi srážel své svaté bratry, i sebe sama a své následovníky srazil na zem a duchovně se zabil. Vskutku byl svatým veleknězem Řehořem exkomunikován, poněvadž se zdálo, že přešel do císařovy družiny, a v exkomunikaci zemřel vinou nebo nedbalostí svého nástupce, bratra Alberta, který papeži nedoručil omluvný list a zadostiučinění bratra Eliáše. Když bratr Albert z Pisy zemřel, našel se v kapse jeho tuniky list, který měl být doručen papeži. A tak byla nejvyššímu Veleknězi skryta pravda o životě svatých bratří a vlastně věřil lži. Ani omluvný list, v němž bratr Eliáš vykládal svůj úmysl a ubezpečoval svou poslušností, se k nejvyššímu Veleknězi nedostal a on zemřel v neposlušnosti vůči Církvi, se svými druhy od řádu odloučen. 86. Vraťme se však ke skutkům, jichž se dopustil proti prvnímu bratru svatého Františka a proti ostatním duchovním bratřím 87. Opřen o autoritu papeže, zvolil si pravidlo přímosti a ctnosti zalíbení v sobě a své vůli…”
Legenda čili Čtení o milých Svatých Božích od Jana Evangelisty Bílého takto píše o sv. Antonínu Paduánském, který se přičinil o nápravu: “Před smrti svou měl nemilou půtku s generálem řádu svého, s Eliášem, jenž nebyl následovníkem sv. Františka v ctnostech. Ačkoliv si nikdo netroufal pokárat ho, učinil to sv. Antonín, a když Eliáš mu hrozil žalářem, stěžoval si na něho u papeže Řehoře IX., který Eliáše sesadil.”
Pokud si kdokoli i kdyby byl papežem zvolí jako pravidlo zalíbení v sobě a své vůli nemůže věci zdárně napravovovat a škodí. Není ochoten a schopen zavrhovat bludy a hříchy, což svatý František podle Panny Marie Přemožitelky všech bludů a svatých z úcty k Božímu majestátu konal. Co dělat, když se papež chová jako Eliáš a nemá ducha sv. Františka?