Stigmatizovaný sv. Pio píše v dopise z Foggio 26.8. 1916: J.M.J.D.F.C. (zkratky Ježíš, Maria, Josef, Dominik,František, Klára)…Jednám tak jedině proto, abych vám projevoval poslušnost. Poznal jsem totiž, že dobrotivý Bůh chce právě tuto jedinou věc a že právě toto, totiž poslušnost, se mu opravdu líbí. Pro mne pak poslušnost představuje jediný prostředek, díky němuž mohu doufat ve spásu a v to, že nakonec budu moci zapět vítězný chvalozpěv. Ale musím podotknout, drahý otče, že v této záležitosti v sobě pociťuji velké napětí. Nepociťuji v sobě, popravě řečeno, vzněty v tom smyslu, že bych se chtěl vzbouřit proti tomu, kdo mi něco nařizuje, ale prožívám při tom určitou starost, která mi činí v jistém slova smyslu nedobře. Krátce řečeno: Poslušnost je pro mne vším. Nepociťuji však žádnou vzpruhu, když se poslušně vydávám vůli toho druhého. Bůh mne chraň toho, abych se s otevřenýma očima postavil zlovolně proti tomu, kdo mi byl určen za vnějšího a vnitřního soudce. Dobře, ale proč potom v sobě cítím tolik obav v téhle záležitosti? Řekněte mi a vysvětlete mi to, prosím. Napište mi, jak se mám v této věci zachovat?” V dopise San Giovanni Rotondo 5.9. 1918 píše: “Připadá mi to, že i svatá poslušnost pod tímto ďábelským náporem začíná podléhat. Chci věřit ať to stojí, co to stojí tomuto hlasu svaté poslušnosti. Díky tomu také stále ještě věřím a je mi lhostejno, zda se jedná o víru vyznávanou ústy, nebo zda se jedná o víru s plným přilnutím vůle. Vidím ale, že tento hlas svaté poslušnostise začíná utápět v bouři úzkostí a trýzně. Po chvilkové posile, která mi vzchází z hlasu svaté poslušnosti, duše cítí, že prudce upadá do ještě nelítostnější trýzně a že musí mocnými doušky lokat z kalicha hořkosti. Schází jí přitom jakákoli opora a pomoc, neví ani proč k tomu dochází a kvůli komu vlastně musí takto strašně trpět.” V dopise San Giovanni Rotondo 5.9. 1918 napíše: “Vedle mne je satan, který mne neustále silně pokouší a ponouká. Vynakládám veškerousvou sílu na to, abych ho odrazil, ale pozoruji, že jsem toho neschopen a že nevím, jak bych se ho měl zbavit prostřednictvím co nejjednoznačnějšího rozhodnutí vůle. Jeho nápor sílí, sílí, stále narůstá na intenzitě a zasahuje mne přímo do středu mé bytosti. Svatá poslušnost, která byla tím poslendím hlasem držícím hroutící se pevnost, se stala předmětem jeho útoku. Můj Bože!…Co se jenom stane s tímhle tvým stvořením?” V dopise San Giovanni Rotondo 18.12. 1920 je: “Důvěra v autority mi neschází a úsilí, jež vynakládám na to, abych se podřídil jejich rozhodnutím, přidávají další bolest k té, jež mi působí dýky vbodnuté do mého srdce.”
Co bylo v životě sv. Pia popisují živopisy. John A. Schug pracoval sedm let na knize Otec Pio kapucín. Je v ní kapitola fámy a nepokoje: “Když se rozšířila zpráva, že se objevila stigmata, katolická Církev nezačala hned zpívat Aleluja a nenechala rozezvučet kostelní zvony. Katolická Církev je moudrá letitá matka se zkušenostmi, které sahají téměř dvě tisíciletí do minulosti. Když má Vatikán rozhodnout o tom, jestli se má zjišťovat pravdivost stigmat nebo se žádá uznání zázraků, na úrovni Vatikánu vyšetřuje takové případy Svatá kongregace pro nauku víry, předtím nazývaná Svatý úřad. Svatý úřad začal vyšetřování tím, že omezil Otci Piovi sloužení mše svaté na veřejnosti. Na toto nařízení téměř každý ze tří tisícovek mužů, žen a dětí ze San Giovanni Rotondo odpověděl tak, že zorganizovali demonstrace před klášterem. Při této příležitosti se orgánům moci podařilo rozehnat zástup bez incidentů. Poslali do Říma petici a za dva týdny dostali odpověď, jíž se rušilo omezující opatření. Byl to však jen konec bitvy, ne války. Od 6. září 1919 se šířily zvěsti založené na určitých faktech, že Otec Pio má být přeložen. Místní obyvatelé si už delší dobu všímali častých návštěv cizích lidí, které silně podezírali z nekalých úmyslů. I noviny po celém světě přinášely články s nápadnou úpravou o Otci Piovi a do městečka se začali hrnout návštěvníci. Lidé ze San Giovanni Rotondo se báli, že pokud se zvýší turistický ruch, už nikdy se nedostanou do blízkosti svého dobrého pastýře. Na tyto nové hrozby odpovídali s typickým italským oduševněním. 14. října 1920 se shromáždili na náměstí, hrozivě mávali rukama, vidlemi, puškami, meči a bodáky, jež mnozí z nich propašovali po válce z armády. Shromáždění nějak přerostlo do výtržností, a než se podařilo obnovit klid, čtrnáct lidí leželo mrtvých a osmdesát zraněných.
Tyto nepokoje povzbudily Svatý úřad, aby prosadil své rozhodnutí Otce Pia přeložit. Ve Svatém úřadě se domnívali, že když odstraní příčinu toho chiasso, těch těžkostí, rozruch se utiší. Starosta Morcaldi si stěžoval: „Církevní vrchnost se nevzdala svého předchozího plánu. Zřejmě neberou v úvahu nebezpečí, týkající se veřejného pořádku.“… Jak na to všechno reagoval Otec Pio? Morcaldi ve svých dějinách San Giovanni Rotondo napsal: „Otec Pio trávil dny ve vznešeném klidu, v modlitbách a pokání, nestaraje se o bouři, jež se připravovala kolem něho.“ Vatikán opět přiložil ruku k dílu 2. července dopisem generálnímu představenému kapucínského řádu. Otci generálnímu představenému nařídili, aby místnímu představenému v San Giovanni Rotondo oznámil, že „Otce Pia je třeba držet pod dozorem“. Mimoto je třeba „vyhnout se každé výstřednosti a rozruchu“. Otci Piovi zakázali sloužit mši svatou v určitou hodinu. Plán jeho mší svatých musel být nepravidelný a mši měl sloužit „podle možnosti velmi brzy ráno a v soukromí a nesměl dávat požehnání lidem a za žádných okolností nesměl nikomu ukázat stigmata, jež má prý na těle, ani o nich mluvit nebo dovolit, aby mu je někdo políbil“. V tomtéž dekretu Otci Piovi nařídili, aby si vybral jiného duchovního vůdce namísto Otce Benedetta, „s nímž musí přerušit veškeré spojení včetně dopisového“.
Svatý úřad vydával nařízení jedno za druhým, přímo je chrlil. 31. května 1923 se v novinách L´Osservatore Romano objevila takováto zpráva: „Nejvyšší kongregace Svatého úřadu v péči o víru a její ochranu, po vyšetření záležitosti týkající se Otce Pia z Pietrelciny, kapucína menších bratří, bydlícího v San Giovanni Rotondo v diecézi Foggia (ve skutečnosti Mangredonia), po výše uvedeném vyšetřování prohlašuje, že v těchto záležitostech není nic nadpřirozeného“ (všechno je původní kurzíva), a vyzývá věřící, aby se tomu podřídili. V podstatě to samé prohlášení bylo vydáno znovu 6. července 1924, 23. dubna 1926, 11. července 1926 a 9. června 1931. V průběhu čtyř roků, od roku 1919 do roku 1923, se střídavě zvedal a klesal příliv klidových a krizových období. Zástup věřících dokonce zaútočil na kapucínský klášter, ale Otec Pio je uklidnil. Příkaz, který předtím vydali v Římě, omezoval Otce Pia na sloužení mší svatých jen ve vnitřní kapli. Laici se jich však mohli zúčastnit. 17. června 1923 se však podařilo tuto mezeru vyplnit. Odtehdy mohl sloužit mši svatou jen „v jedné kapli uvnitř kláštera bez jakékoli vnější účasti“.
Páter Ignazio, místní představený, který byl v úřadě pouze několik měsíců, se obával dalšího povstání lidu. Jel do Foggie přesvědčit provinciálního představeného o nebezpečích vyplývajících z nařízení ze 17. června. Odpověď na jeho žádost zněla: „Nařízení je třeba respektovat.“ Toto rozhodnutí mělo za následek událost, již starosta Morcaldi nazývá „velkolepá demonstrace (superba manifestazione)“ dne 25. června. Lidé se opět se shromáždili na náměstí a vyhrožovali, že podpálí domy některých místních kněží, o nichž se domnívali, že se podílejí na vydávání těchto nařízení. „Jestli se pokusí přeložit Otce Pia,“ slíbil jim starosta, „tak odstoupím a budu bojovat s vámi jako řadový občan.“ Jeho slova je upokojila. Zástup potom klidně zamířil ke kostelu. „Byl to mimořádný projev víry a lásky vůči Otci Piovi,“ napsal starosta ve svých dějinách města. „Ulice, náměstí, kostel, všechno bylo přeplněné. Zástup obklopil Otce Pia, který přišel do kostela zazpívat Te Deum. Otec Ignazio, představený, slíbil, že se Otec Pio ráno vrátí pracovat mezi lidi. Zástup jásal. Když se náboženské obřady skončily, lidé si klekli na náměstí před kostelem a podél ulice, aby přijali požehnání od Otce Pia, který tam stál ve vchodu do kostela.“ Pokud víme, Otec Ignazio vyřešil tento problém po svém, v rozporu s rozhodnutím, které právě dostal od svého Otce provinciála z Foggie. Nemáme žádné poznatky o tom, že by byly výše uvedené úřady tento zákaz zrušily. Možná se řídil vnitřním pocitem, že jen on zná všechny okolnosti, zejména závažnost situace. Ať už postupoval správně nebo ne, na každý pád se mu podařilo obnovit klid a 26. června 1923 – tak, jak slíbil – se Otec Pio vrátil ke svému stádci.
Lidé v San Giovanni Rotondo potom vytvořili nový výbor v čele se starostou Morcaldim. 1. července odjeli členové výboru do Říma, kde je laskavě přijali dva kardinálové. Kardinál Gasparri jim však dával malou naději. Řekl jim, že „události v San Giovanni Rotondo nejsou v této chvíli tak důležité, aby vyžadovaly zvláštní zásah Svatého stolce“. Tím „zvláštním zásahem“ kardinál zřejmě myslel „další zásah“, protože Svatý stolec krátce předtím už zásah učinil. Kyvadlový rytmus války a míru pokračoval. Nakonec nadešla chvíle, kdy Vatikán rozhodl, že „zvláštní zásah“ je nevyhnutelný. Tentokrát byl Vatikán rozhodnut přemístit Otce Pia. Generální představený kapucínů v Římě Otec Joseph Anthony si zavolal Otce Luigiho Festu (nebyl to příbuzný doktora Festy) a pověřil ho, aby vystupoval jako vyslanec. „Střecha vám jde padnout na hlavu!“ řekl Otec Joseph Otci Luigimu. „Budete muset poslechnout příkazy nejvyšší vrchnosti. Otec Pio je vašich rukách. Přiveďte ho ze San Giovanni Rotondo a předveďte ho provinciálovi pohraniční oblasti Ancona, dokud nedostanete další pokyny. Odevzdejte toto nařízení Otci Piovi, a když nastane vhodná chvíle, jednejte!“ Aby se zabránilo opakování událostí z roku 1920, na něž se každý pamatoval, Otec Joseph naléhal na generála DeBono, velitele veřejné bezpečnosti, aby zabezpečil převoz Otce Pia ze San Giovanni Rotondo do Ancony. „Zajistíme cestu Otce Pia,“ slíbil generál DeBono, „ale něčí krev pravděpodobně poteče. Prefekt z Foggie přislíbil pomoc, ale řekl, že budete muset určitě jít přes mrtvoly.“ Smyčka se stahovala. 7. srpna 1923 přijel Otec Luigi do San Giovanni Rotondo a zavolal si Otce Pia do svého pokoje. Když Otec Pio vyslechl rozhodnutí Otce generála, sklonil hlavu, zeširoka rozevřel náruč a řekl: „Jsem připraven podřídit se vašim přáním. Odjeďme hned nyní. Když jsem se svým nadřízeným, jsem s Bohem.“ Byla půlnoc. „Chcete teď odjet?“ zeptal se Otec Luigi vyvedený z rovnováhy. „Kam pojedeme?“ Otec Pio mu odpověděl: „Nevím, ale pojedu s vámi, kdykoli mi řeknete.“ Otci Luigimu se dojetím zadrhl hlas v hrdle a zmohl se pouze na to, že řekl Otci Piovi, aby počkal, dokud z Říma nepřijdou další pokyny.
Mezitím lidem ve městě opět vzkypěla krev v žilách. Svým tajemným smyslem se 8. srpna dozvěděli, že Otec Luigi přijel do města, a ucítili krev. Pojmenovali ho „katovým pomocníkem, kterého si vybrala církevní vrchnost, aby zasadil úder“, a opět zahrozili útokem na Viale Cappuccini, na hlavní ulici vedoucí ke klášteru. Starosta Morcaldi potkal Otce Pia v kostele. Objali se, ale tentokrát bylo v jejich bacio něco jiného. „Bylo to objetí,“ vzpomínal starosta, „které znamenalo rozloučení.“ Druhého dne, 10. srpna 1923, bylo třinácté výročí vysvěcení Otce Pia do kněžského stavu. V tom roce to lidé oslavili tím, že stáli čtyřiadvacet hodin na stráži u každých klášterních dveří. Slavnostně slíbili, že raději zemřou, než aby měli dovolit, že by jejich milovaného Otce něčím omámili a unesli. Nikdo ze zástupu nevěnoval mimořádnou pozornost mladíkovi se zuřivým výrazem v očích, který se jmenoval Donato. Po skončení požehnání se Svátostí oltářní se však tento mladý muž vkradl do sakristie, vytáhl pistoli a namířil ji na Otce Pia. „Živý nebo mrtvý,“ vykřikl, „ale zůstanete tady s námi v této vesnici.“ Lidé ho rychle obklopili a odzbrojili. Násilný charakter tohoto činu zchladil hlavy všech, včetně samotného Donata, který poprosil Otce Pia o odpuštění. Všichni odešli domů vyjma Otce Pia a stráží. Strážcové zůstali u dveří.
Otec Pio odešel do kaple. Tam před Ježíšem v Nejsvětější svátosti napsal dopis: „Pane, co chtějí tito lidé od nás? Můj život je v rukách mladých lidí z této oblasti a mých představených. Pane, Tys viděl, co se stalo dnes večer, toho mladíka a jak byl ozbrojený. Ale mohl jsi mu vidět i do srdce, a tak víš, že jeho úmysly byly dobré. Znáš i jeho jméno a povolání, Ježíši. Víš, co to znamená, být zabitý pro lásku. I Donato chtěl zabíjet pro lásku, Pane. Ty jsi nikdy neodsoudil pro lásku. A proto Tě prosím, abys mu odpustil, protože ho miluješ tak jako mě. Je to zedník. Používá kladiva, lopaty a rýče. Pracuje s vápnem a cihlami a z těch surových materiálů umí vytvořit odborné dílo. Možná právě proto nemá rád drsné věci. Nyní klidně spí. Ježíši, nedej, aby mu spánek rušily špatné sny, ani aby ho zlé vzpomínky týraly přes den. Ať odpočívá v míru a sešli své požehnání na lidi v San Giovanni Rotondo. Co může přinést zítřek, nevím. Nevím, kam mě pošlou moji představení. Já, Tvůj věrný syn svaté poslušnosti, poslechnu bez reptání, protože na mně tak mnoho závisí. Ohlas toto: Vím, že můj definitivní konec přijde ve víře, v poznání toho, že mí drazí a vyvolení lidé ze San Giovanni Rotondo měli v úmyslu udržet si mě u sebe, když ne živého, tak aspoň mrtvého. Doufám, že civilní a právní vrchnosti znovu neuplatní zákon proti těm, kteří se mi pokoušejí přiblížit. Vždy jsem měl rád každého a odpustil jsem každému a nechci zemřít dřív, než bych odpustil každému, kdo se mě pokoušel zabít. Toto jsem napsal před Nejsvětější svátostí při plných smyslech a celý rozechvělý láskou k Bohu a ke všem svým bratrům v Kristu. San Giovanni Rotondo, 10. srpna 1923, Otec Pio, kapucín z Pietrelciny.“
Otec Pio pokračoval v modlitbě: „Ježíši, co vlastně tito lidé chtějí ode mě? Kdybych to věděl, nemohl bych pro ně něco udělat? Neptal bych se Tě, ale vím, že mě chtějí živého nebo aspoň mrtvého. Pane, živý nemám žádnou cenu. Nezbavuj se mě, neboť mrtvý jsem hodnotný ještě méně. Jako živý nemám žádnou hodnotu. Jsem jen břemenem. Odloží mě, kam se jim zachce, do temné místnosti, kde je budu co nejméně obtěžovat. Kdybych byl však mrtvý, moje tělo by neškodně odpočívalo. Lidé ze San Giovanni Rotondo chtějí mé tělo. Nevím proč a nevím ani to, co by učinili s mým mrtvým tělem, a nechci mít pocit, že jsem je zklamal. A tak, Pane, protože nevím, co mám udělat, poprosím Tě, aby mé kosti mohly být uloženy v této zemi obývané lidmi, jež ti s láskou odporoučím, když se k Tobě modlím. Možná se usmíváš, možná mi odpovídáš. Možná neříkáš nic.“ O dva dny později napsal Otec Pio další dopis starostovi Francescovi Morcaldimu, ve kterém ho naléhavě žádá, aby nezasahoval proti rozhodnutím vydaným Církví: „Vývoj událostí v posledních dnech mě hluboce dojal a nesmírně zaujal. V této souvislosti mě děsí skutečnost, že mám být nedobrovolnou příčinou výtržností mých milovaných spoluobčanů. Modlím se k Bohu, aby rozptýlil toto neštěstí a aby mi poslal jakékoli ponížení, pokud si to přeje. Protože však už bylo vydáno rozhodnutí o mém přeložení, prosím vás, abyste rozšířil všemi prostředky, jež máte k dispozici, že je třeba se podřídit vůli mých představených, která je vůlí Boha a již mám v úmyslu slepě poslouchat. Ve svých ubohých modlitbách budu vždy vzpomínat na tento šlechetný lid a prosit za něj jako výraz své lásky k němu o mír a blahobyt. Protože nejsem schopen udělat nic jiného, vyjadřuji svou touhu, pokud mí nadřízení nebudou proti tomu nic namítat, abych měl své kosti uloženy zde, v malém kousku země. S úctou v našem sladkém Pánu Váš Otec Pio z Pietrelciny 12. srpna 1923.“
Zatím, co se nitě rozplétaly, odvolání Otce Luigiho Otci Josephovi, generálnímu představenému, však zůstávalo nevyřešeno. Ze Svatého úřadu potom přišla dramatická a neočekávaná odpověď s datem 17. srpna 1923: „Ordo suspendatur donec aliter“ – příkaz na přemístění je zastaven až do dalšího oznámení!“ Pozastavení příkazu na přemístění přineslo další utišení bouře. Do skončení bouře však bylo ještě daleko. To by přišlo jen se smrtí tohoto ubohého člověka. Svatý stolec měl utkvělou představu, že klid se dá znovu obnovit jen přemístěním Otce Pia. Syndrom přemístění se opět vynořil 7. dubna 1931, jako obvykle ve stínu vícera nepokojů. Lidé se znovu vydali v protestním pochodu na vršek. Tentokrát se nezastavili u vchodu. Vylomili dveře. Muži i ženy se vhrnuli do kláštera. Ženám bylo úplně jedno, že jim hrozí exkomunikace pro porušení klášterní klauzury. V klášteře byl „nepřítel“, který se chystal odstranit jejich Otce, a lidé žádali, aby toho nepřítele vydali do jejich rukou. Představený kláštera, Otec Raffaele, se je pokoušel utišit. „Ano,“ připustil, „v klášteře je na návštěvě jistý kněz, ale ten nevezme Otce Pia pryč.“ „Říkáte to pod poslušností.“ křičeli na něho. „Lžete.“ „Jsme synové svatého Františka,“ odsekl Otec Raffaele, „a rádi poskytujeme pohostinství i jiným kněžím. Ubezpečuji vás, že ráno odjede.“ Když viděl, že se s tímto rozhněvaným zástupem nijak neporadí, zavolal Otce Pia, který je ujistil, že přeložen nebude. Otci Piovi uvěřili, ale nadále sledovali situaci velmi pozorně. „Já se o toho nepřítele postarám,“ vyhrožoval Alessandro Giuva, zvěrolékař, který vešel do místnosti, když Otce Pia operovali na kýlu. „Ráno ho sám odeskortuji do Foggie.“ Opět zavládlo příměří.
- června 1931 učinil Vatikán další tah. Otec Pio dostal pokyn, aby „se vzdal všech činností vyjma sloužení mše svaté“. Aby se události z minulosti neopakovaly, toto omezení bylo rozšířeno o dodatek, že se jeho mší nesmí zúčastnit nikdo kromě ministrantů. „Ať se stane vůle Boží,“ to byl jediný komentář Otce Pia k tomuto nařízení. Bylo to na svátek Božího Těla. Během tohoto období byl Otec Pio téměř úplně odkázán na vězeňskou samotu, jeho životní prostor byl omezen jen na pokoj a měl zakázán jakýkoli kontakt se světem. Dostal pracovní rozvrh dne, ve kterém měl povoleny dvě hodiny na ranní mši svatou, potom modlitby v oratoři dopoledne. Dále hodinu studia v knihovně a odpolední modlitbu po nešporách a na závěr modlitby až do půlnoci. Toto vězení, jak to nazýval Otec Pio, trvalo celé dva roky. Jak na to reagoval, popsal Otec Agostino, jeho nový duchovní vůdce potom, co mu Řím zakázal všechny styky s Otcem Benedettem. Ve svém Diariu Otec Agostino napsal: „Začátkem března (1931) jsem zajel na několik hodin do San Giovanni Rotondo… Jeho duch je klidný a nadále pokračuje ve svaté poslušnosti… 1. července jsem jel do San Giovanni Rotondo a hodinu jsem mluvil s naším drahým Otcem Piem. Nařízení, jež ho zbavovalo veškeré kněžské moci vyjma práva sloužit mši svatou v soukromí, došlo 12. června 1931. To mělo za následek, že jsem našel Otce Pia nesmírně sklíčeného. Sotva jsme v jeho cele osaměli, hned se rozplakal. I když mě to hluboce dojalo, potlačil jsem ale vlastní pocity a nechal jsem ho chvíli plakat. Potom jsme si povídali. Drahý Otec Pio mi řekl, že ho tato neočekávaná zkouška hluboce zarmoutila. „Nikdy jsem si nemyslel, že se něco podobného stane,“ řekl mi Otec Pio. 24. července 1931 jsem se vrátil do San Giovanni Rotondo. „Jak trávíte dny?“ zeptal jsem se ho. „Studuji, jak umím, a potom trápím své bratry,“ odpověděl. „Jak je to možné?“ zeptal jsem se ho. „Jako vždycky jim vyprávím vtipy, a tyto jsou ještě horší než ty předtím.“ Potom změnil tón a dodal: „První dny této zkoušky na mě dolehly velmi těžce, ale pak mi Bůh dal sílu a uměl jsem se přizpůsobit tomuto novému životu. Ať je Ježíš pochválen!“ „Od té doby až dosud Ježíš mlčí,“ pokračoval. „Ani se neukáže, ani se nedá slyšet. Je to přesně tak, jako život v agónii. Ať se však děje jeho vůle.“
Jeho stigmata krvácejí dále, zejména rána v boku. Podařilo se mi ukrást jeden kapesník, jímž si zakrýval ránu v boku. 24. září jsem v cele Otce Pia ucítil vůni. Nevím, kolikrát jsem byl v jeho pokoji, rozmlouval s ním a dotýkal se kapesníků nasáklých jeho krví, ale nikdy předtím jsem neucítil tuto vůni. Nenacházím slova na to, abych popsal tu scénu; je to ale sladký, radostný, čistý pocit… Musím říci, že jsem schopen ucítit jen velmi silnou vůni. Čich mi zeslábl bezpochyby proto, že jsem od dětství až do dvaceti roků velmi trpěl neustálým krvácením z nosu. Až nyní dovedu vnímat vůni, jež prý vychází z Otce Pia a ze všeho, čeho se dotkne. Ještě i dnes, když toto píši, sedm dní po návštěvě u Otce Pia, cítím jeho vůni… Jeho duše je připravena a vždy ochotná přijmout Boží plán. Otec Pio se modlí a trpí… trpí a modlí se.“ Na svátek Narození Páně roku 1931 trvalo Otci Piovi odsloužení třech mší svatých pět hodin. V bouřích a bezvětřích, které se táhly ze San Giovanni Rotondo do Říma a zase zpátky, každý slyšel tu strašidelnou, dutou ozvěnu masakru z roku 1920. Všichni se shodovali v tom jediném, že už víc nesmí prolévat krev. Znovu se však začaly šířit fámy a pohár trpělivosti se u lidí opět naplnil.
Starosta San Giovanni Rotondo si umyl ruce od vší zodpovědnosti a provinciální vládě ve Foggii napsal: „Kdo bude zodpovědný za životy těch lidí, kteří zemřou, když Otce Pia přeloží?“ Prefekt ve Foggii se vzápětí také zbavil veškeré odpovědnosti za případné krveprolití a spojil se s národní vládou v Římě. Tam pokračoval Mussoliniho úřad v řetězové reakci a spojil se s Vatikánem. V tomto posledním odvolacím soudu zasáhl papež Pius XI. a nařídil Svatému úřadu, aby zákaz zrušil. Papež řekl arcibiskupovi Otce Pia: „Nebyl jsem proti Otci Piovi nepříznivě naladěn (to non sono stato maldisposito del Padre Pio), ale byl jsem o něm nesprávně informován (ma io sono stato malinformato del Padre Pio).“ Odteď mohl Otec Pio opět sloužit mši svatou v kostele. O rok později, 25. března 1934, mu dovolili zpovídat muže a od 12. května 1934 i ženy. Když se fámy o přeložení Otce Pia rozplynuly, jeho každodenní kříž dostal jinou podobu. 3. srpna 1952 uveřejnily noviny L´Osservatore Romano nařízení Svatého úřadu, jímž zavrhovali některé knihy o Otci Piovi, protože byly vydány bez potřebné revize a bez církevního schválení. V nařízení se dále vysloveně uvádělo, že se toto rozhodnutí nemá chápat jako „zavržení Otce Pia ani autorů těchto knih“. L´Osservatore Romano jsou oficiální noviny Vatikánu. Právní záležitosti se v nich oficiálně nezveřejňují, ty mají své místo spíše v Acta Apostolicae Sedis. V této souvislosti je velmi výmluvné, že toto nařízení se v Acta Apostolicae Sedis nikdy neobjevilo. Tak či onak, tato akce Svatého úřadu byla píchnutím do vosího hnízda a vrhla na Otce Pia ještě temnější mrak podezření. Během těchto posledních událostí, stejně tak jako i v předcházejících desetiletích, jedinou obranou Otce Pia byla „žádná obrana“.
Vzhledem k nadřízeným projevoval tu samou mlčenlivou, slepou a bezvýhradnou poslušnost, jakou projevoval po celý život. To ale neznamená, že by z něho vyprchaly všechny city a že úplně z hlavy vypustil minulost. V myšlenkách se nepochybně vracel do časů, když duchovnímu vůdci napsal tato slova: „V rozhodnutích vrchnosti nalézám svou jedinou oporu. Toto jediné mě podepírá na té temné cestě, na níž se nacházím.“ Jak živě si musel vzpomínat na svůj první skok do tmy poslušnosti vůči papeži. Bylo to během první světové války. Papež Benedikt XV. tehdy poprosil celou Církev, aby se modlila a přinášela oběti za svět. Ještě dřív, než byla tato papežova žádost zveřejněna, Otec Pio učinil přesně to, co papež žádal. A jakou oběť přitom přinesl! „Nabídl jsem celou svoji bytost našemu Pánu,“ napsal Otec Pio roku 1918, „na ty stejné úmysly Svatého Otce. Jen jsem to učinil, cítil jsem, že se vracím do tuhého vězení, a slyšel jsem, jak se dveře toho vězení za mnou hlučně zabouchly. Cítil jsem, že jsem spoután velmi pevnými okovy a že tam namístě každou chvíli zemřu. Od té doby mám pocit, že jsem byl v pekle.“ 2. června 1959 mons. Girolamo Bartolomeo Bortignon, ordinář z Padovy předal Janu XXIII. svoje žaloby proti stigmatizovanému Piovi a hnutí modliteb, jež založil.
Po půlnoci 23. září 1968 si otec Pio vykonal svatou zpověď a obnovuje řeholní slib: „Já, Otec Pio z Pietrelciny, přísahám a slibuji všemohoucímu Bohu, blahoslavené Panně Marii, našemu svatému Otci Františkovi, všem svatým i tobě, Otče, že budu po všechny dny svého života zachovávat pravidla Menších bratří, potvrzená papežem Honoriem, a že budu žít v poslušnosti, bez majetku a v čistotě.“ Otec Pellegrino odpověděl obvyklými slovy: „A já ti jménem Božím slibuji, že pokud toto všechno zachováš, dosáhneš života věčného.“ Po přijetí svátosti nemocných ve 2.30 zemřel smrtí svatých.