Profesor Bohumil Zlámal v Příručce českých církevních dějin, svazek III. píše: “Arcibiskup Jan z Jenštejna patří mezi největší církevní osobnosti české, ačkoli svého historika dosud nenašel.“ Místo objektivně velké osobnosti Jana z J. je lidem předkládán problematický Jan Hus, který měl v době umučení generálního vikáře Jana z J. sv. Jana Nepomuckého 23 roků a byl bakalářem na pražské univerzitě.
Rok narození je dle B. Zlámala u Jana z Jenštejna 1350. Jaroslav Kadlec v Přehledu českých církevních dějin uvádí jako rok narození 1347 nebo 1348. Tvrzení, že v pětadvaceti letech se stal biskupem v Míšni platí při údaji B. Zlámala. V roce 1379 byl ustanoven arcibiskupem v Praze po svém strýci, prvním českém kardinálu Jan Očku. Po roce v úřadu arcibiskupa na smrt onemocněl. Vážnou potřebu obrácení dokonala zpráva o uhoření arcibiskupa Ludvíka s dalšími tanečníky na masopustní zábavě v Magneburku. Pro Jana z J. se stal charakteristickým život asketický a mystický, ale přitom v rámci možností aktivní. Nedostatečnost lidských sil jej vedla k intenzivnímu duchovnímu životu s úctou mariánskou a eucharistickou.
Odbojní francouzští kardinálové zvolili 20. září 1378 vzdoropapeže, který přijal jméno Klement VII. a začal sídlit v Avignonu. Arcibiskup Jan z J. byl na říšském sněmu ve Frankfurtu hlavní obhájce nároků papeže Urbana VI. proti svému bývalému učiteli a obhájci Klementa VII. Janu de Bournazel. Jan z J. zvítězil a sněm se postavil za Urbana VI. K podpoře Urbana VI. navrhoval Václavu IV. korunovaci na císaře římského v Římě. To Václav IV. odmítl a již v roce 1384 odňal arcibiskupovi úřad kancléře.
F. M. Bartoš jako světský historik píše ČD II-6, s. 44: „Odvolání římské jízdy působilo dojmem tím mocnějším, že znamenalo zároveň zřetelný, ano skoro okázalý obrat v králově postoji v nejzávažnější politické otázce soudobé Evropy, k otázce církevní roztržky…Byl to ústup z velké politiky, ústup z Evropy.“

Podle příkladu prvního pražského arcibiskupa Arnošta pečoval Jan z J. o všestrannou nápravu a povznesení církevního života. Každoročně svolával diecézní synody, z nichž občas vycházela důležitá nařízení pro církevní život, statuta. Ve statutu z r. 1387 zakročuje proti porušování bezženství u těch, kteří jsou jím vázáni, jakož i proti svatokupectví. V traktátu „De consideratione“ z roku 1385 adresovanému Urbanu VI. ukazuje, že příčinou schisma je hřích a zvláště pastýřů, co pásli sebe místo stáda. V roce 1392 podal králi Václavu IV. žalobu, aby mu připomenul jeho povinnost být ochráncem Církve a ne jejím utlačovatelem. Když králův chráněnec postavil na Labi na arcibiskupově majetku jez, Jan z J. jej nechal rozbořit a král ho uvěznil na Karlštejně a zpustošil mu majetek. Z popleněného majetku nesehnal včas částku potřebnou na zaplacení papežského desátku a Urban VI. jej dal za to do klatby. Jan z J. chránil církevní majetek, ale měl sociální cítění. Roku 1386 vydal nařízení o odúmrtí, kterým se vzdal majetku osoby, co zemřela bez poslední vůle ve prospěch příbuzných. Jan Hus brojil proti odúmrtí a tím byl následovatel Jana z J., který se snažil hmotný církevní majetek zachovat a nezpronevěřit, ale nebyl mu cílem.
V roce 1386 jako velký mariánský ctitel zavedl v pražské diecézi svátek Navštívení Panny Marie, do té doby slavený jen od roku 1263 ve františkánském řádu. Podnět dostal Jan z J. v soukromém zjevení. Urbanu VI. důvody ke svátku vyložil takto: „pro odstranění rozkolu, pro svornost národů, pro jednotu svaté matky Církve, jako díkůvzdání, že Bůh a svatá Panna vytrhli papeže častěji z nebezpečí, a proto, aby králové sloužili Bohu.“ V roce 1389 zavedl Urban VI. svátek pro celou Církev a učinil to v době, kdy Václav IV. žádal v Římě o jeho sesazení. V roce 1385 zavedl Jan z J. římský svátek Panny Marie Sněžné, který teprve Pius V. po tridentském koncilu rozšířil na celou Církev. V roce 1423 kolínská synoda zavedla svátek Bolestné Rodičky Boží pro západní Německo a zdůvodnila to potřebou smíru za husitský odboj proti Církvi a zadostiučinění velikému šiřiteli mariánské úcty v předhusitských dobách, Janu z J. Ke cti svého patrona Jana Evangelisty složil sekvenci. Při svém působení v Míšni založil v tamním biskupském kostele oltář sv. Václava a svátek sv. Václava nařídil listem z 26.3. 1380 v německých diecézích řezenské, bamberské a míšeňské.
V roce 1393 probíhalo v Čechách milostivé léto, které nebylo vyhlášeno skrze arcibiskupa. Počátek milostivého léta byl 16.3. a již 20.3. král osobně mučil generální vikáře Jana z J. Jana Nepomuckého a následně jej nechal zavraždit. Na svátek sv. Vojtěcha 23. dubna 1393 opustil Jan z J. Čechy. V Římě odevzdal Bonifáci IX. obsáhlý obžalovací spis proti králi, a když v Římě nepochodil, tak časem rezignaval na stolec pražského metropolity. 2. července 1396 vysvětil svého nástupce Olbrama a odešel do ústraní na hrad Helfenburg, kde si musel půjčovat peníze na své živobytí. V roce 1397 odešel do Říma a žil v klášteře sv. Praxedy, kde pravděpodobně zakončil život sv. Cyril věrozvěst. V roce 1399 byl jmenován Benediktem IX. titulárním patriarchou alexandrijským. Po smrti 17. června 1400 byl pohřben v klášterním kostele sv. Praxedy. Mezi četbu Jan z J. patřila mystická díla. Od německých řeholnic sv. Gertrudy a Mechtildy přejímal počínající kult Nejsvětějšího Srdce Ježíšova a přispěl i k úctě Jezulátka a umučení Páně.

Pro dobu Jan z J. je charakteristické zhoršení vztahu mezi mocí církevní a světskou. Nastalo narušení souladu, který byl za Karla IV. a v té době běžný. Budovat kostely jak činil Karel IV. nebylo jeho synovi Václavovi vlastní. Kostel Božího těla zbudovaný Bratrstvem kladiva a obruče měl ve svých řadách i Václava IV. a nebyl věnován Církvi, ale národu. Časopis Svobodný zednář ročník IV. z roku 1930 v tomto bratrstvu majícím v roce 1407 300 členů vidí předchůdce zednářských lóží. Nepřátelství proti Církvi a násilí na církevní osobách a majetku král oddaný zábavě nezamezoval, ale podporoval. Jan Hus k tomu mlčí a žije jako chráněnec krále. Církevní ponížení vedlo nakonec i k státnímu úpadku.

Zajímat se o Jana z J. znamená zabývat se dramatickou dobou, v níž žil a pronásledováním, které zakusil. Je to příklad blahoslavenství: „Blahoslavení, kdo jsou pronásledováni pro spravedlnost, neboť jejich je nebeské království (Mt 5,10). Je to i v souladu s II. Vatikánským koncilem LG 42 který žádá: „všichni mají být připraveni vyznat Krista před lidmi a následovat ho cestou kříže v pronásledováních, která Církvi nikdy nechybějí.“ Za nejkrásnější dílo Jana z J. je považována kniha „Libellus de fuga saeculi“ – Kniha o útěku ze světa. Název je převzat od sv. Ambrože. V meditaci podle Písma sv.: „Marnost nad marnost (Kaz 1,1) ukazuje rozdíl mezi těmi, kdo ve světě milují Boha a Církev a těmi, kdo to odmítají a druhým znemožňují.